زمینه های ایجاد فضای امنیتی در آستانه انتخابات ریاست جمهوری از ماه‌ها قبل چیده شد بود اما پس از اعلام نامزدی «اکبر هاشمی رفسنجانی» در انتخابات بر محدودیت‌های انتخاباتی افزوده شد. درست در روزی که هاشمی رفسنجانی آمادگی خود را برای شرکت در انتخابات اعلام کرد، نیروهای امنیتی دفتر کار محمد خاتمی رییس جمهور پیشین ایران را به نوعی محاصره کردند و برخی از مراجعان به دفتر وی را برای ساعاتی بازداشت کردند. هدف از ایجاد جو امنیتی در حوالی دفتر خاتمی از سوی برخی ناظران به نگرانی نهادهای امنیتی از همراهی خاتمی با هاشمی در روز ثبت نام عنوان شده است.

فاز دوم امنیتی شدن فضا از یک شب قبل از اعلام نتایج صلاحیت‌ها آغاز شد. در این مرحله نیز ماموران گارد ویژه به همراه لباس شخصی‌ها به نحو بارزی در خیابان‌ها و مراکز پرتردد در شهر تهران مشاهده می‌شدند. بنا به روایت برخی منابع غیر رسمی، یک روز قبل از اعلام نتایج صلاحیت‌ها، هاشمی شبانه به دفتر بیت آیت الله خامنه ای احضار و در آنجا در خصوص هرگونه مقابله با تصمیم شورای نگهبان و عواقب آن به وی هشدار داده می‌شود. به گفته فاطمه هاشمی، حتی از آیت الله رفسنجانی خواسته می‌شود که برای کم هزینه تر شدن تصمیم شورای نگهبان خودش پیشاپیش استعفا بدهد که با مخالفت وی روبرو می‌شود.

با این حال، پس از اعلام رسمی نتایج بررسی صلاحیت‌ها و در حالی که ستاد های وی در حال جمع بندی مسائل بودند، ماموران امنیتی به برخی ستادهای هاشمی حمله کرده و تعدادی را بازداشت می‌کنند.

نیروهای امنیتی «محمد محسنی» یکی از فعالان ستاد هاشمی و «محمد کبیری»، دیگر فعال ستاد وی را شبانه بازداشت کردند. در شهرستان‌ها و از جمله در کهکلویه و بویر احمد نیز چند نفر از اعضای ستاد هاشمی بازداشت شدند .

همچنین، شماری از افراد اصلاح طلب که در مرخصی به سر می‌بردند به دلیل احتمال فعالیت آن‌ها در ستاد هاشمی به زندان بازگردانده می‌شوند. قربان بهزادیان‌نژاد، رئیس ستاد اصلاح طلبان در انتخابات ۸۸، بهمن احمدی امویی و مسعود باستانی و از جمله این افراد بودند.

در این حین، «شبکه ایران» ارگان خبری دولت هم از موج بازداشت اعضای ستاد مشایی در تهران و دیگر شهرها خبر دادند و چندین سایت اعضای وابسته به این گروه مسدود شد.

همزمان با اعلام رد صلاحیت‌ها، اختلال در اینترنت و ارسال پیامک ها هم گزارش شد. همچنین سایت‌های خبری نزدیک به اصلاح طلبان از جمله آفتاب و روزنامه بهار مسدود شد.

برخی تحلیلگران از رد صلاحیت هاشمی و موج بازداشت‌ها و لشگر کشی ماموران به خیابانها به عنوان کودتای نرم قبل از انتخابات یاد کردند.

فضای امنیتی بعد از اعلام رد صلاحیت‌ها ادامه یافت و در این مرحله هرگونه اشاره به نام رهبران جنبش سبز تحمل نشد و منجر به برخورد و بازداشت حامیان میرحسین موسوی و مهدی کروبی شد.

خبرگزاری مهر خبر داد ۱۱ که خرداد و در مراسم سخنرانی حسن روحانی در حسینیه جماران عده ای از حامیان و جوانان ستاد او بازداشت شدند. بر اساس این گزارش، در جریان سخنرانی حسن روحانی در حسینیه جماران شعارهایی در حمایت از موسوی و کروبی و همچنین در حمایت از حسن روحانی سر داده شد.

بر اساس این گزارش، حاضران در این مراسم «سرود یار دبستانی من» و «ای ایران» را با در دست داشتن پوسترهایی از روحانی، موسوی و کروبی هم خوانی کردند. این سخنرانی در پایان با تنش و دستگیری تعدادی از افراد همراه بود. به گفته برخی از اعضای حاضر در جلسه، «شیرین میر کریمی»، «محسن رحمانی»، «محمد پارسی»، «سعید الله بداشتی» و «مجتبی هاشمی»، از اعضای ستاد جوانان حامی حسن روحانی و عده ای دیگر بازداشت شده‌اند.

در باره شیوه بازداشت این افراد، روایات متعددی بیان شده است اما شاهدان عینی گفته‌اند اطراف جماران مملو از ماموران امنیتی بوده بطوریکه به محض بیرون رفتن جمعیت از حسینیه، بلافاصله ماموران، افراد شعار دهنده را بازداشت کرده‌اند به نحوی که گویا منتظر آن‌ها بودند.

«سعید» از اعضای ستاد حامیان حسن روحانی به خبرنگار جرس در تهران گفت: «آنطور که شنیده‌ام اعضای ستادهای عارف و روحانی به شدت تحت کنترل هستند. وی گفت: »چیزی شبیه به حضور گسترده ماموران در ستاد موسوی در سال ۸۸ مشاهده می‌شود، به نظر می‌رسد همه چیز عادی است اما چندین جفت چشم مراقب اوضاع هستند. » ستاد حسن روحانی به بازداشت‌ها اعتراض کرده و خود وی نیز تلویحا از فضای امنیتی ایجاد شده انتقاد کرد. وی در ورزشگاه ۱۳ آبان در جمع مردم گفت: «به فرض اینکه کسی شعار تند بدهد، قتل که نکرده است، بلکه یک شعار داده است و برای یک شعار کسی را زندانی نمی‌کنند بلکه به او تذکر می‌دهند پس بهتر است برای هر چیز جزئی برای جوانان پرونده درست نکنند. »

بازداشت‌ها به اینجا ختم نشد. در حاشیه حضور «محمدرضا عارف» در بازار تهران هم ۳ نفر به دلیل شعار دادن به نفع خاتمی بازداشت شدند. بر اساس این گزارش، بعد از آنکه محمدرضا عارف در جمع مردم و بازاریان در بازار تهران حضور یافت، تعدادی از حامیانش با شعار «سلام بر عارف، درود بر خاتمی»، از وی اعلام حمایت کردند.

در جریان این شعارها سه نفر از از جمله یکی از بازاریان تهران از سوی نیروهای امنیتی بازداشت شدند.

با این حال دفتر محمدرضا عارف پیگیری‌های لازم را برای آزادی بازداشت شدگان انجام داد و گویا بازداشت شدگان آزاد شدند.